Порядок проведения экспертизы регулируется рядом норм гражданского процессуального, уголовного процессуального и административного законодательств, а именно:

1. При разрешении отдельных категорий гражданских, уголовных и административных дел стороны по делу либо участники уголовного судопроизводства, руководствуясь принципом состязательности и предоставленными им процессуальными правами, могут заявлять ходатайство о назначении так называемой "независимой" экспертизы.
2. Экспертиза проводится государственными экспертами по поручению руководителя государственного судебно-экспертного учреждения и иными экспертами из числа лиц, обладающих специальными знаниями (п. 1 ст. 183 АПК РФ)
3. Эксперт - это самостоятельная и независимая процессуальная фигура, призванная содействовать отправлению правосудия. Его отличительным признаком является объективная незаинтересованность в исходе дела. Более того, дача объективного заключения по делу - основная обязанность эксперта (ч. 1 ст. 85 ГПК РФ, ст. 57 УПК РФ), невыполнение которой может повлечь за собой применение различных мер юридической ответственности.
4. В обстоятельствах конкретного дела заинтересованные лица, не удовлетворенные результатом экспертного заключения, его качеством и полнотой вправе ставить вопрос о назначении дополнительной и повторной экспертизы по делу. Принимая активное участие в доказывании обстоятельств разрешаемого судом дела, в установлении истины по делу, стороны по гражданскому делу либо участники уголовного судопроизводства вправе заявить ходатайство о производстве экспертизы вне «стен» государственного судебно-экспертного учреждения, и экспертами, которые не являются сотрудниками данных учреждений. В случае обоснованности такого ходатайства (имеются сомнения в научной обоснованности, полноте и достоверности выводов, ответов на поставленные вопросы), оно может быть удовлетворено.
5. Результаты альтернативной экспертизы оцениваются судом по всем правилам; такая экспертиза становится по своей сути конкурирующей первичной экспертизе до тех пор, пока одно из заключений не будет признано судом наиболее полным, научно обоснованным и положено в совокупности с другими доказательствами в основу судебного решения или приговора.
6. Экспертиза может проводиться не только в рамках судебного разбирательства. В качестве примера можно привести необходимость проведения технической экспертизы, с целью установления определенных обстоятельств, влияющих на выплату страхового возмещения по договору обязательного страхования гражданской ответственности владельца транспортного средства.

Так, в соответствии с п.2 Правил организации и проведения независимой технической экспертизы транспортного средства при разрешении вопроса о выплате страхового возмещения по договору обязательного страхования гражданской ответственности владельца транспортного средства, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 24.05.2003г № 238, проведение экспертизы может быть организовано независимо от экспертизы, назначаемой и проводимой в соответствии с гражданским процессуальным, арбитражным процессуальным, уголовным процессуальным законодательством РФ или законодательством РФ об административных правонарушениях.

Для проведения такой экспертизы привлекается эксперт-техник или экспертная организация.